Modelo estadístico para estimar el impacto histórico de la influenza sobre la mortalidad en Cuba / Statistical model to estimate the historical impact of influenza on mortality in Cuba

Introducción: La influenza tiene elevado impacto en la mortalidad humana y en Cuba la categoría influenza y neumonía ocupa el cuarto lugar entre sus causales generales. En los países templados, con marcada estacionalidad, esto se capta con modelos estadísticos, tarea que se dificulta en el trópico y pendiente en Cuba por la ausencia de igual definición estacional. Objetivo: Estimar el impacto histórico de la influenza tipo A y B y los subtipos A(H3N2) y A(H1N1) sobre la mortalidad mediante el ajuste de un modelo de regresión a las condiciones estacionales específicas de Cuba. Métodos: Se ejecutó un estudio longitudinal y retrospectivo. En un primer paso se ajustaron dos modelos de Poisson con la mortalidad influenza y neumonía total y las personas ≥ 65 años de edad como variables respuestas en los cinco meses de mayor positividad en influenza, desde la temporada 1987-1988 hasta la 2004-2005 y los positivos en tipo A y en tipo B como explicatorias. En otro par de modelos se estimó el impacto del A(H3N2) y el A(H1N1), considerando como respuesta los fallecidos atribuidos previamente al tipo A. Resultados: Se atribuyeron a la influenza 7803 fallecidos entre todas las edades y 6152 entre las personas ≥ 65 años de edad, con un 56,3 por ciento asociados al A(H3N2), el 17,6 por ciento al A(H1N1) y el 26,1 por ciento al tipo B. Conclusiones. Se logró estimar el impacto de la influenza sobre la mortalidad mediante el ajuste para Cuba de un modelo estadístico que permitió demostrar la asociación de la circulación de estos virus con la mortalidad en el país, lo que ratifica la necesidad de reforzar la vigilancia, el control y la vacunación contra esta infección viral. Se demuestra la posibilidad de ajustar estos modelos de regresión a otros virus respiratorios y a la actual pandemia por la COVID-19, en las condiciones estacionales de Cuba(AU)

Introduction: Influenza has a high impact on human mortality and in Cuba influenza and pneumonia rank fourth among its general causes. In temperate climate countries, with marked seasonality, this is captured by statistical models, a task that is difficult in the tropics and pending in Cuba due to the absence of the same seasonal definition. Objective: Estimate the historical impact of influenza type A and B and subtypes A(H3N2) and A(H1N1) on mortality, by adjusting a regression model to the specific seasonal conditions of Cuba. Methods: A longitudinal and retrospective study was performed. In a first step, two Poisson models were adjusted with influenza and total pneumonia mortality and people ≥ 65 years old as response variables in the five months with the highest positivity to influenza in the period 1987-1988 to 2004-2005, and the positive ones to type A and type B as explanatory variables. In another pair of models was estimated the impact of A(H3N2) and A(H1N1), considering as a response the deaths previously attributed to type A. Results: 7 803 deaths among all ages and 6 152 among 65-year-olds were attributed to influenza, with 56.3 percent associated to A(H3N2), 17.6 percent to A(H1N1) and 26.1 percent to type B. Conclusions: It was possible to estimate the impact of influenza on mortality by adjusting for Cuba a statistical model that demonstrated the association of the circulation of these viruses with the mortality in the country, which confirms the need to strengthen surveillance, control and vaccination against this viral infection. The possibility of adjusting in the seasonal conditions of Cuba these regression models to other respiratory viruses and the current pandemic by COVID-19 is demonstrated(AU)

Introducción de nuevos ensayos de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para el diagnóstico y vigilancia de virus respiratorios / Introduction of new assays of real time polymerase's chain reaction for the diagnosis and surveillance of respiratory viruses

Las infecciones respiratorias agudas constituyen la causa fundamental de mortalidad y morbilidad en el ámbito mundial. Los principales agentes causales de estas infecciones son los virus. La detección rápida y eficaz de estos patógenos es determinante en el tratamiento y la prevención de las enfermedades que estos agentes virales pueden ocasionar. En la actualidad, los métodos moleculares para el diagnóstico virológico son muy útiles por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez en la obtención de los resultados. El objetivo es introducir cuatro ensayos múltiples de transcripción reversa de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para el diagnóstico y vigilancia de 15 virus respiratorios. Se procesaron 2 441 muestras clínicas respiratorias recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia de Virus Influenza y otros Virus Respiratorios en el período comprendido entre septiembre de 2013 y abril de 2014. Se analizaron 2 352 exudados nasofaríngeos, 77 aspirados bronquiales y 12 muestras de necropsia. A estas se les realizó el diagnóstico molecular por los sistemas múltiples de transcripción reversa de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real mediante el empleo de cebadores y sondas TaqMan. De las 2 441 muestras clínicas estudiadas, 1 290 fueron positivas para alguno de los virus respiratorios (52,85 por ciento). El virus sincitial respiratorio humano se detectó con mayor frecuencia (47,83 por ciento), seguido de los virus influenza (19 por ciento) y los rinovirus humanos (14,73 por ciento). Se concluye que la introducción de los cuatro ensayos de transcripción reversa de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real posibilita la actualización del algoritmo diagnóstico en el Laboratorio Nacional de Referencia de Virus Influenza y otros Virus Respiratorios para la vigilancia de estos agentes en Cuba, lo que contribuye al mejoramiento del Programa Nacional de Prevención y Control de las Infecciones Respiratorias Agudas(AU)

Acute respiratory infections are the major cause of mortality and morbidity worldwide. Respiratory viruses are the main causative agents of acute respiratory infections. Rapid and accurate detection of these pathogens is critical for the treatment and prevention of the diseases these viral agents can cause. Currently, molecular diagnostic methods are useful tools for the virological detection of respiratory viruses due to its high sensitivity, specificity and their speed in obtaining results. The objective of this study was to introduce four multiplex real-time TR-RCP assays for the diagnosis and surveillance of fifteen virus causing acute respiratory infections. 2 441 clinical respiratory samples were processed in the period between September 2013 and April 2014 in the National Laboratory of Reference for Influenza Virus and other Respiratory Viruses. There were analyzed 2 352 nasopharyngeal exudates, 77 bronchial aspirations and 12 necropsy samples. Multiplex real-time TR-RCP was performed using TaqMan primers and probes previously published. From the 2 441 clinical samples studied, 1 290 were positive for some of the respiratory viruses, which represent 52.85 percent Syncytial respiratory virus was the most frequently detected virus (47.83 percent), then influenza viruses (19 percent) and human rhinovirus (14.73 percent). The introduction at the National Reference Laboratory of the four multiplex real-time TR-RCP assays allows updating the algorithm for the diagnosis and surveillance of respiratory viruses in Cuba, as a contribution to the National Program for the Prevention and Control of Acute Respiratory Infection(AU)

Contribución del Laboratorio Nacional de Influenza al enfrentamiento de la influenza pandémica 2009 en Cuba / Contribution of the National Influenza Laboratory to confront the 2009 pandemic influenza in Cuba

INTRODUCCIÓN: las infecciones respiratorias agudas son consideradas la causa más importante de morbilidad y mortalidad en todo el mundo. Estas infecciones adquieren mayor significación asociadas a eventos epidémicos y pandémicos ocasionados por los virus influenza. La necesidad de una vigilancia mundial para los virus influenza fue reconocida en 1947 y condujo a la creación de la Red Global de Vigilancia de los virus influenza por la Organización Mundial de la Salud. El Centro Nacional de Influenza de Cuba pertenece a esta red desde 1975. En el mes de abril de 2009 fue reconocido un nuevo virus influenza A (H1N1) de origen porcino que circulaban en humanos, identificado como el agente causal de la primera pandemia del siglo xxi por la Organización Mundial de la Salud. OBJETIVO: llevar a cabo la vigilancia nacional del nuevo virus pandémico. MÉTODOS: el Centro Nacional de Influenza de Cuba desarrolló y organizó un diagrama de diagnóstico para la confirmación en casos sospechosos de infección por este virus. Se emplearon diferentes ensayos de trancripción reversa-reacción en cadena de la polimerasa para el tipado y subtipado de los virus influenza A. RESULTADOS: entre abril y diciembre de 2009, un total de 6 900 muestras clínicas respiratorias fueron procesadas mediante el diagrama diagnóstico nacional y 980 casos fueron confirmados y notificados a las autoridades nacionales de salud y la Organización Panamericana de la Salud. Los rinovirus humanos resultaron otro de los agentes etiológicos de infecciones respiratorias agudas detectados con frecuencia. CONCLUSIÓN: mediante la estrategia nacional de vigilancia de laboratorio fue posible llevar a cabo un monitoreo efectivo de la circulación de los virus influenza y otros virus respiratorios para alertar a las autoridades nacionales de salud, con vistas a enfrentar la influenza pandémica 2009.

INTRODUCTION: acute respiratory infections are considered the most important causes of morbidity and mortality around the world. These infections became more significant when associated to epidemics and pandemic events caused by influenza virus. The need for global surveillance of influenza viruses was recognized as early as 1947 and led to the establishment of the World Health Organization (WHO) Global Influenza Surveillance Network (GISN). The Cuban National Influenza Centre (NIC) belongs to this network since 1975. On April 2009, the recognition of a new influenza A (H1N1) of swine origin circulating in humans was identified as the causative agent of the first pandemic in the 21st century declared by the WHO. OBJECTIVE: to carry out surveillance of the new pandemic virus nationwide. METHODS: the Cuban National Influenza Center developed a diagnostic diagram to confirm infection with the pandemic virus in suspected cases. Different PCR assays for typing and subtyping of influenza A virus were used. RESULTS: from April to December 2009, 6 900 clinical respiratory samples were processed by using this diagram, 980 cases were confirmed and notified to the national health authorities and to the Pan American Health Organization. Human rhinoviruses were other important etiologic agents of the frequently detected acute respiratory infections. CONCLUSION: with the national strategy for surveillance at lab, it was possible to effectively monitor the circulation of the influenza viruses and of other respiratory viruses in our country and to alert the national health authorities, with a view to facing up to the pandemic influenza (2009).

Estrategia cubana de caracterización molecular del virus influenza A/H1N1pdm / Cuban strategy for the molecular characterization of the pandemic influenza A virus (H1N1)

INTRODUCCIÓN: en Abril de 2009 se identificó una variante del virus influenza A/H1N1 de origen porcino, lo cual determinó que fuese declarada rápidamente la primera pandemia del siglo XXI. OBJETIVO: establecer una estrategia de secuenciación nucleotídica que permitiera diagnosticar diferencialmente los virus influenza A estacionales del nuevo virus pandémico, así como obtener la mayor cantidad de información posible desde el punto de vista molecular de los genes hemaglutinina y neuraminidasa, tanto de pacientes que sufrieron una enfermedad tipo influenza como los que padecieron de una infección respiratoria aguda grave y los que fallecieron. MÉTODOS: se diseñaron e implementaron tres estrategias de secuenciación que brindaron información importante acerca del nuevo virus en Cuba. RESULTADOS: a través de la tercera estrategia se obtuvieron los resultados más completos: diagnóstico diferencial, vigilancia de las mutaciones D222G/E en la hemaglutinina y las variantes virales H275Y resistentes al Tamiflu. A pesar de no haber detectado las mutaciones mencionadas, no se puede descartar su presencia en población cubana, debido a que estas estrategias no fueron diseñadas con ese fin. Se impone diseñar un estudio para cumplir con ese objetivo. CONCLUSIONES: las estrategias de secuenciación aplicadas en nuestro algoritmo permitieron realizar el diagnóstico diferencial de los virus influenza estacional del pandémico y su caracterización molecular.

INTRODUCTION: in April 2009, there was identified a variant of the A/H1N1 influenza virus of swine origin, and shortly after the first pandemic in XXI century was declared. OBJECTIVES: to establish a nucleotide sequencing strategy for the differential diagnosis of the seasonal and pandemic influenza A viruses, and to obtain as much molecular information as possible about hemagglutinin and neuraminidase genes in patients with influenza-like illnesses, in those with severe respiratory infection and in patients who died. METHODS: three sequencing strategies were designed and implemented, which also offered important information about the new virus in Cuba. RESULTS: the third strategy provided the most comprehensive results such as differential diagnosis, the surveillance of the D222G/E mutation in hemagglutinin and Tamiflu-resistant H275Y viral variants. In spite of the fact that the mentioned mutations were not detected, their presence in the Cuban population can not be ignored since these strategies were not designed for this end. It is imperative to design a study to fulfill this objective. CONCLUSIONS: the sequencing strategies in our algorithm allowed the differential diagnosis of the seasonal and the pandemic viruses, and their molecular characterization.

Infección respiratoria aguda grave en pacientes cubanos durante la ola de influenza pandémica A (H1N1) en Cuba, 2009 / Severe acute respiratory infection in Cuban patients during the influenza A (H1N1) pandemic in Cuba, 2009

INTRODUCCIÓN: en abril de 2009 las autoridades de salud de México reportan a la Organización Panamericana de la Salud un incremento de las hospitalizaciones por neumonía con tasas elevadas de mortalidad. El Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica, notó que este incremento se presentaba fundamentalmente en las edades de 20 a 40 años. Se identificó un nuevo virus influenza A de origen porcino subtipo (H1N1) como agente causal de la primera pandemia del siglo XXI. El 26 de abril de 2009 el plan nacional de enfrentamiento a la pandemia por influenza (H1N1) es activado por las autoridades nacionales de salud de la República de Cuba y el 7 de mayo se diagnosticó el caso índice de influenza pandémica (H1N1) en Cuba. Se estableció un sistema de vigilancia integrada con confirmación de laboratorio. OBJETIVOS: detectar e identificar el virus de la influenza pandémica durante la ola pandémica. MÉTODOS: durante las semanas epidemiológicas de la 37 a la 41 se observó un alza en el número de atenciones médicas. En este período se seleccionaron para este análisis solo las muestras colectadas de pacientes con diagnóstico clínico de infección respiratoria aguda grave divididas en tres grupos fundamentales, 370 niños y adultos graves, 55 gestantes graves y 30 fallecidos. El diagnóstico fue realizado por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para los virus de influenza pandémica y reacción en cadena de la polimerasa convencional para otros virus respiratorios. RESULTADOS: el virus de la influenza pandémica se detectó en 65, 20 y 9 casos, respectivamente. El virus de la influenza estacional A (H3N2) en 81 casos de infección respiratoria aguda grave, donde se incluyeron pacientes de todas las edades; 10 gestantes graves y en 5 fallecidos, los cuales fueron detectados por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real. Otros virus respiratorios también fueron monitoreados por reacción en cadena de la polimerasa a punto final. CONCLUSIONES: el análisis integral de estos resultados constituye un aporte a la vigilancia nacional y regional de los virus respiratorios para el perfeccionamiento de los programas de prevención y control de las infecciones respiratorias agudas.

INTRODUCTION: on April 2009, the Mexican health authorities reported increased hospitalization indexes caused by pneumonia with high mortality rates to the Pan-American Health Organization (PAHO). The National Epidemiological Surveillance System of Mexico noticed that this increase mainly occurred in the 20-40 year old population. A new type of swine influenza A (H1N1) virus was identified by laboratory studies as the etiological agent of the first pandemic of the 21st century. On April 26 2009, the National Anti-pandemic Plan was activated by the Cuban Ministry of Public Health, and on May 7th, the lab-confirmed index case appeared. An integrated surveillance system with laboratory confirmation was set up. OBJECTIVES: to detect pandemic influenza virus during the pandemic wave. METHODS: the epidemiological weeks 37 to 41 witnessed a rise of the number of sick people seen by the medical services. In this period, the samples taken from patients clinically diagnosed with severe acute respiratory infection were selected for this analysis; they were divided into three groups, that is, 370 children and adults in critical condition, 55 pregnant women in severe condition and 30 fatal cases. The diagnosis of the pandemic virus was performed by Real Time Polymerase Chain Reaction Test (PCR). Other respiratory viruses were tested by conventional PCR. RESULTS: the pandemic influenza virus was detected in 65 children and adults, 20 pregnant women and 9 fatal cases. The seasonal influenza A (H3N2) virus was identified in 81 cases of severe acute respiratory infection covering all age groups, 10 pregnant women and 5 deceased on the basis of real time polymerase chain reaction test. Other respiratory viruses were also monitored by the end-point polymerase chain reaction. CONCLUSIONS: the comprehensive analysis of these results contributes to the national and regional surveillance of respiratory viruses for the improvement of the prevention and control programs of the acute respiratory infections.

Detección y caracterización rápida de los virus de influenza A y B en secreciones nasofaríngeas mediante el método de la inmunoperoxidasa / Fast detection and characterization of the influenza Aand B viruses in nasopharyngeal secretions by the immunoperoxidase method

Con el objetivo de identificar en forma rápida los virus de influenza, se estudiaron 148 muestras de pacientes con sintomatología compatible con esta entidad Para ello fue desarrollado un cultivo rápido de células MDCK-1, en placas de 96 pozuelos, donde fueron inoculados los exudados nasofaríngeos o gargarismos, e incubados durante una noche a 37 grados C, el medio fue eliminado y las células fueron lavadas con buffer fosfato salina; posteriormente fueron fijadas con metanol y los antígenos virales detectados por la técnica de inmunoperoxidasa mediante un pool de anticuerpos monoclonales contra la influenza A y otro contra la influenza B. Para el subtipaje en A (H3N2) y A (H1N1). Del total de muestras positivas (136) correspondió 72,1 porciento para el tipo A y a los subtipos H1 y H3, 34,6 y 37,5 porciento, respectivamente. La influenza B se detectó en 27,9 porciento de las 148 muestras investigadas, sólo 12 resultaron negativas (8,1 porciento). Se recomienda la utilización de esta técnica como un método de diagnóstico rápido, sensible, conveniente y fácil de realizar e interpretar para la detección t caracterización en tipo y subtipo de los virus de influenza a partir de exudados nasofaríngeos o gargarismos

Evaluación de un conjugado anti-IgG de ratón-fluoresceína mediante técnicas de inmunofluorescencia indirecta y citometría de flujo / Evaluation of an anti-IgG conjugate of mouse-fluorescin by the indirect immunofluorescent techniques and flow citomerty

Se purificó una inmunoglobulina G de ratón a partir de suero por cromatografía de afinidad en proteína A. Con esta preparación se inmunizaron los conejos cuyos sueros fueron capaces de reconocer al antígeno inyectado mediante inmunodifusión doble. Los anticuerpos fueron precipitados del suero de conejo y purificados mediante cromatografía de intercambio iónico. Esta preparación fue conjugada a isotiocianato de fluorescencia según la tecnología convencional. El conjugado obtenido fue evaluado con las cepas de referencia de virus Parainfluenza 1, 2, 3; Adenovirus; virus sincitial respiratorio y virus influenza A y B por una técnica de inmunofluorescencia indirecta y muestras positivas de VIH mediante citometría de flujo. En ambos casos se utilizaron anticuerpos monoclonales específicos. Se evaluaron muestras clínicas de pacientes con infección respiratoria aguda

Caracterización de los virus de influenza por el método de la inmunoperoxidasa utilizando anticuerpos monoclonales: Montaje y validación

Se aplicó y validó por primera vez en Cuba el método de inmunoperoxidasa para la clasificación rápida en tipo y subtipo de los virus de influenza. El método está basado en un cultivo rápido en células MDCK-L y el empleo de anticuerpos monoclonales para la clasificación en tipo y subtipo. Se utiliza un pool de anticuerpos contra influenza A y otro contra la influenza B y los anticuerpos monoclonales HA1 - 71 y HA2 - 76 para el subtipaje en H1 y H3. La validación se realizó aplicándolo a 21 cepas de referencia internacional y 23 cepas de virus de influenza humana, aisladas y clasificadas previamente por inhibición de la hemaglutinación. Todas las cepas reaccionaron frente a los anticuerpos monoclonales en correspondencia con su tipo y subtipo de hemaglutinina. Fueron caracterizadas 6 cepas de referencia y 9 aislamientos dentro del subtipo H1N1; 9 cepas de referencia y 10 aislamientos en el subtipo H3N2 y 6 cepas de referencias y 4 aislamientos dentro del tipo B.No hubo reacciones inespecíficas ni cruzadas en los controles establecidos. La sensibilidad, especificidad y coincidencia fue del 100 %. La técnica resultó rápida y conveniente para la caracterización en tipo y subtipo de las cepas de virus de Influenza aisladas. Puede sustituir al método clásico de inhibición de la hemaglutinación cuando se requiere la caracterización rápida de brotes o epidemias de infecciones respiratorias agudas, lo que es de extrema importancia por ser éstas causantes de una alta morbilidad, fundamentalmente en grupos de riesgo, y por su repercusión económica.

The immunoperoxidase method for the rapid classification of influenza viruses in type and subtype was applied and validated for the first time in Cuba. The method is based on a rapid culture in MDCK-L cells and on the use of monoclonal antibodies for the classification in type and subtype. A pool of antibodies against influenza A and another against influenza B and HA1-71 and HA2-76 monoclonal antibodies are used for the subtyping in H1 and H3. The validation was carried out by applying this method to 21 international reference strains and to 23 human influenza virus strains that were isolated and previously classified by hemagglutination inhibition. All the strains reacted to the monoclonal antibodies according to their hemagglutinin type and subtype. 6 reference strains and 9 isolations were characterized within the H1N1 subtype: 9 reference strains and 10 isolations in the H3N2 subtype; and 6 reference strains and 4 isolations in type B. There were neither unspecific nor crossed reactions among the controls established. There was 100 % of sensitivity, specificity and coincidence. The technique used proved to be fast and convenient for the characterization in type and subtype of the isolated influenza virus strains. It may substitute the classic hemagglutination inhibition method when it is required the rapid characterization of outbreaks or epidemics of acute respiratory infections, which is very important due to the high morbidity they cause mainly in risk groups and to their economic repercussion.